南市府斥資逾3.8億元配合三爺溪排水整治計畫，辦理萬代橋改建工程，打通舊橋底部阻水橋墩，降低仁德區淹水風險。該工程預計明年六月底成完工、恢復雙向通車。
三爺溪排水是二仁溪下游段之主要支流，集水區涵蓋仁德區、歸仁區、永康區與東區、南區，代橋上游各項改善工程在109年陸續完成之後，逢短時強降雨就易淹水的崑山科大及中華醫大校區，近年已無發生淹水情形。三爺溪流經區域的淹水面積也逐年改善，從107年0823豪雨時曾淹水260公頃，縮減到110年的0731豪雨10公頃，大幅降低了96%。
南市府也向中央爭取預算經費逾3.8億元辦理萬代橋改建工程，打通舊橋底部阻水橋墩。改建後橋長跨度由22公尺增長為42.3公尺，原有河道深度增加1.5公尺，不落墩減少河道阻礙，降低水位，將有效擴大通洪斷面及提升防洪能力。